为贯彻落实南京审计大学“特色、质量、国际化”的办学理念，积极稳步推进莫愁校区的建设和管理，学校于2021年10月成立莫愁校区管委会(副处级)与基建处合署办公。              

   2023年5月，为适应学校事业发展需要，经校党委常委会研究决定，重组莫愁校区管委会，正处级建制莫愁校区管委会作为学校的行政机构，受党委和行政委托，在莫愁校区履行“服务、协调、保障、监督”职能，为教学、科研和管理提供服务保障的综合管理机构。莫愁校区管委会现有员工13人，其中正处级领导一名，副处级领导两名，下设两个科室，综合办公室和后勤管理科。