莫愁校区在历经2019年11月校区功能定位与规划，及2020年4月启动综合改造后，于2021年4月，经校党委常委会研究决定，副处级莫愁校区管委会成立，负责校区综合管理与协调。2023年5月，管委会升格为正处级建制，整合学校职能部门管理服务职能。2025年4月，为适配高水平大学建设需求，更名为莫愁校区办公室，设一正二副领导岗位，下设综合办公室、后勤保障科两个科级机构，现有员工15人。

莫愁校区办公室以保障校区高效运行与可持续发展为核心，统筹园区设施运维，通过“服务、协调、保障、监督”职能整合资源，以服务育人为核心理念，坚持开放包容、务实高效，全力推动国际化教育园区建设，为学校成为审计人才培养的摇篮、审计科学研究的基地、审计事业发展的智库、审计国际交流的窗口和审计文化传播的平台做出积极贡献！